1 ? 對于環(huán)境樣品含有太多雜質(zhì)(泥沙、唾液樣品里面含有飼料雜質(zhì))會(huì )對結果產(chǎn)生多大影響?是否可以在裂解之前對樣品進(jìn)行離心一次?這種離心操作會(huì )對檢測結果產(chǎn)生影響嗎?
對于雜質(zhì)較多的樣本,建議在提取前進(jìn)行離心,取上清液進(jìn)行提取,盡量不要取到其他雜質(zhì)。如果含有過(guò)多雜質(zhì),對于磁珠法試劑盒,有可能會(huì )對核酸的純度有影響,比如洗脫液有顏色的情況;對于柱式法試劑盒,有可能會(huì )出現純化柱被堵塞的情況。樣品前處理環(huán)節進(jìn)行離心,不會(huì )對檢測結果產(chǎn)生影響。
2 ? 針對很臟的環(huán)境拭子樣品、精液樣品和痰液樣品有好的解決方案嗎?
樣本前處理要按說(shuō)明書(shū)規范進(jìn)行,對于很臟的的環(huán)境拭子和精液樣本,建議先離心,取上清液或精清樣本進(jìn)行提??;痰液樣本,可直接取樣進(jìn)行提取,若太粘稠,建議用生理鹽水或專(zhuān)用樣本稀釋液進(jìn)行稀釋后,再進(jìn)行提??;提取試劑盒的選擇:建議選擇裂解效果好、提取效率高的病毒核酸提取試劑盒。
3 ? 純化柱法提取核酸時(shí),尤其是提取血液時(shí),純化柱可能會(huì )被紅細胞堵塞,能否把原血液樣品離心一次,用血漿來(lái)檢測核酸嗎?
有數據顯示,同一份血液樣本,從全血樣本提取的Ct值要比從血清提取的Ct值要小。所以還是更推薦從全血樣本中進(jìn)行提取、檢測。對提取血液樣本會(huì )出現純化柱堵塞的現象,如果沒(méi)有取到血凝塊的話(huà),初步分析是所用試劑盒對血液的裂解效果偏弱的原因。建議可以換一款裂解效果更好的試劑盒進(jìn)行提取,比較推薦明日達的病毒DNA提取試劑盒(V型)。這款試劑盒的裂解液和結合液均具有裂解作用,加之蛋白酶對蛋白的消化裂解的作用,可以很好地勝任各種血液樣本的提取,甚至是有凝血現象的全血。
4 ? 不同的樣品,是否需要采用不同的核酸提取方法?如環(huán)境樣品,血拭子等。
不同類(lèi)型的樣本按照各自的前處理方式完成樣本前處理之后,可以采用同樣的核酸提取方法進(jìn)行提取。因為,一款合格的病毒核酸提取試劑盒應該滿(mǎn)足各種不同樣本類(lèi)型的提取。5 ? 油性疫苗如果要檢測非洲豬瘟病毒,有沒(méi)有好的前處理方法?
對于疫苗樣本,可以用生理鹽水進(jìn)行稀釋?zhuān)部梢杂脤?zhuān)門(mén)的裂解液進(jìn)行稀釋處理,然后再進(jìn)行提取。
我們曾做過(guò)測試,用明日達的預分裝提取試劑盒對油性疫苗直接進(jìn)行提取,提取效果也是沒(méi)有問(wèn)題的。
6 ? 樣本前處理時(shí)的離心對轉速和時(shí)間有沒(méi)有要求?
建議嚴格按照說(shuō)明書(shū)進(jìn)行前處理。離心轉速和時(shí)間如果偏低,有些雜質(zhì)和殘渣可能離心不徹底,對于磁珠法有可能會(huì )影響純度,對于柱式法可能會(huì )造成柱膜堵塞。如果是轉速較低的掌上離心機,可延長(cháng)離心時(shí)間。
7 ? 血清和環(huán)境離心多少轉速好,轉速高會(huì )不會(huì )對樣品蛋白質(zhì)有影響。
離心轉速建議按照說(shuō)明書(shū)進(jìn)行,一般為8000-12000g離心5min。轉速過(guò)高一般不會(huì )對蛋白和病毒核酸有影響。
8 ? 樣品單檢與混檢有多大的區別?
混檢在日常病毒篩查檢測中發(fā)揮著(zhù)重要的作用。從技術(shù)可行性角度進(jìn)行分析,通過(guò)對混樣檢測靈敏度的計算,采用5混1、10混1進(jìn)行混檢是切實(shí)可行的。新冠病毒的篩查檢測也是采用5混1、10混1或者20混1的方式進(jìn)行。但采用混檢時(shí),需要注意以下幾點(diǎn):(1)需提前預估待檢測豬場(chǎng)的陽(yáng)性率,根據不同的陽(yáng)性率來(lái)選擇不同數量的混檢形式,以減少復檢的次數;(2)要保證所用核酸提取試劑的提取效率以及PCR檢測試劑盒的檢測靈敏度,以免造成假陰性;(3)對混檢可能造成的漏檢風(fēng)險進(jìn)行評估,并制定相應的風(fēng)險管控措施。9 ? 為什么會(huì )出現混合樣品陽(yáng)性,單測出現陰性?
原因分析:1、混合樣品為弱陽(yáng),可能在復檢的過(guò)程中,樣品出現降解,分開(kāi)單個(gè)樣品測試出現陰性;2、混合樣品檢測時(shí),出現操作污染導致出現陽(yáng)性。
10 ? 磁珠法在特殊樣本提取純度較差,是不是可以理解特殊樣本采用柱膜法更具優(yōu)勢呢?
這里提到的磁珠法提取特殊樣本差,是從技術(shù)研發(fā)的角度出發(fā),磁珠法提取在保證樣本純度方面相較于柱式法會(huì )面臨更大的技術(shù)難題,如果磁珠選擇不好或者磁珠與提取體系的搭配不好,就會(huì )出現各種問(wèn)題,比如洗脫液粘稠、有顏色等。但是難度大不代表不可實(shí)現。通過(guò)數據對比展示明日達和T公司的磁珠法試劑盒,都在樣本純度和提取效率方面達到了比較高的標準。
11 ? 柱式法病毒核酸提取可以做到不加蛋白酶K,那為什么還存在有蛋白酶K的版本?
我們的測試結果顯示,對于普通的正常狀態(tài)的樣本,無(wú)蛋白酶K的試劑盒和有蛋白酶K的試劑盒提取效率是一致的。但為了應對一些狀態(tài)特別差的樣本,比如凝血嚴重的血液、特別粘稠的樣本,有蛋白酶K的試劑盒通過(guò)裂解液、結合液的雙重裂解+蛋白酶K的消化,使其對于狀態(tài)差樣本仍然可以保證較高的提取效率。
12 ? 您剛才展示了不同廠(chǎng)家產(chǎn)品提取效率比對數據,用的是你們自己的PCR擴增試劑做的結果么?對其他廠(chǎng)家的PCR試劑盒在搭配上是否有開(kāi)放性?
對于提取試劑盒,除了搭配明日達PCR試劑盒,也搭配過(guò)另外三款有批準文號的PCR試劑盒,提取效率都是沒(méi)有問(wèn)題的。至于我們公司的PCR試劑盒,很多實(shí)驗室都是在用其他家的核酸提取試劑盒,匹配性也是沒(méi)有問(wèn)題的。也就是說(shuō),明日達的提取試劑盒和PCR試劑盒都是開(kāi)放性的。
13 ? 柱式提取和磁珠法提取相比核酸回收率怎么樣?
各個(gè)生物試劑公司都有磁珠法試劑盒和柱式法試劑盒,但對各種樣本類(lèi)型的提取性能還是存在差異的。但不能因為某些個(gè)別情況(比如,A公司的磁珠法試劑盒比B公司的柱式法試劑盒提取效率低)就斷定柱式法和磁珠法的核酸回收率,哪種方法更好一些。其實(shí),從方法學(xué)上來(lái)看,柱式法和磁珠法都是比較成熟的方法。所以,比較優(yōu)秀的柱式法試劑盒和磁珠法試劑盒的核酸回收率都會(huì )是比較高的。
14 ? 不用裂解液的試劑會(huì )出現什么情況。
不用裂解液,直接從結合開(kāi)始進(jìn)行提取,提取效果肯定是不好的。有的核酸提取試劑盒中沒(méi)有裂解液這一個(gè)組分。其實(shí)這種試劑盒是需要搭配他們公司的病毒保存液進(jìn)行使用的,這里的病毒保存液既有保存病毒的作用,又有裂解病毒的作用,所以用這種核酸提取試劑盒一定要搭配與其相匹配的病毒保存液。
15 ? 樣品提取結束后,向離心管中轉移提取后樣品,樣品中含有少量磁珠,對后續的檢測是否有影響。
如果將磁珠加入到PCR擴增反應體系中,肯定會(huì )對PCR的檢測產(chǎn)生影響,通常會(huì )出現擴增曲線(xiàn)異常,導致檢測失敗。建議將核酸洗脫液進(jìn)行瞬離,取上清進(jìn)行PCR檢測,切勿取到磁珠。
16 ? PCR樣本初始背景熒光值就很高,樣本也要離心很久,這該怎么解決呢?
背景熒光值高的原因:⑴、樣本的本身含有熒光物質(zhì):樣本的成分不同,血液,組織,環(huán)境,尤其是環(huán)境樣本,成分更為復雜,且不同樣本中不同成分的占比也不同,自然界幾乎所有的物質(zhì)都是可以“發(fā)光”的,只是發(fā)光的強弱不同,所以部分樣本的某些組分或雜質(zhì)有比較強的熒光物質(zhì),所以導致背景熒光值高;⑵、樣本中含有能夠被PCR儀激發(fā)后發(fā)光的物質(zhì):熒光PCR儀的檢測原理是靠激發(fā)光激發(fā)檢測試劑盒里的熒光探針發(fā)光從而測試靶標濃度的,基礎熒光值高可能跟樣本中含有某種物質(zhì),這種物質(zhì)受到機器的激發(fā)波后,就會(huì )發(fā)出熒光,導致初始的背景熒光值升高。
那么知道背景熒光值高的原因后,我們可以對癥治療:⑴、選擇高質(zhì)量的核酸提取試劑產(chǎn)品:核酸提取能夠去除絕大部分雜質(zhì),同時(shí)能夠濃縮DNA,所以經(jīng)過(guò)核酸提取后再進(jìn)行檢測是能夠有效降低基質(zhì)干擾的;⑵、核酸提取后仍然有熒光物質(zhì),最好就是進(jìn)行小倍數的稀釋?zhuān)热?倍或5倍稀釋?zhuān)@樣就可以盡量不影響靈敏度的情況下,降低雜質(zhì)或基質(zhì)的干擾。17 ? PCR擴增時(shí),原始曲線(xiàn)正常,但是擴增曲線(xiàn)會(huì )顯示異常,這是什么情況?
原始曲線(xiàn)正常,而擴增曲線(xiàn)異常,初步判斷,可能是PCR儀器計算方式不同導致的,需要具體看PCR曲線(xiàn)再進(jìn)行具體分析。